《The 4400》讲述了4400名外星绑架者被送回地球后的故事。用执行制片人的话来说，这些是人们经历创伤性变化的故事，受驱使于发生了什么以及为什么发生这一谜团。其中一些人受到了神秘的影响，一些人则拥有某些特殊能力，无论是好是坏，剧情的一部分将是观察他们如何调整自己内心的变化。

故事从一团光球飞向地球开始，但与预期的灾难性事件不同的是，成千上万的被绑架者没有记忆过去的外星经历。他们中的每一个人离开地球的时间都不同，从几个月到几十年不等，但没有一个人长大了一天。

在“The 4400”第三季的剧情中，经过一年的时间，世界发生了巨大的变化。Tom经历了紧张的医学观察后，回到了国家技术援助中心，并因能力有限而被分派文书工作。他成功保护了自己的儿子，使他免遭类似政府研究的伤害，并对重新过上正常生活抱有希望，为此他感到激动不已。在事业方面，他渴望再次与Diana合作，重返这个领域。

而Diana在与一系列无能的搭档合作之后，终于找到了让Tom重返工作岗位的方法，期间她还正式收养了Maia。

与此同时，Richard、Lily和他们的孩子住在远离Jordan Collier的山间小屋中，过着简朴的生活。Collier已经关闭了Arcadia Estates，并为这4400人建立了一个庇护所，准备建造“4400人中心”，在这里其他人可以深入了解4400人的奥秘。Collier在接触Lily的腹部后出现了不良反应，但Shawn治愈了他，之后他们建立了亲密的父子关系。Collier成为Shawn的监护人，并利用他的财力来支持4400人中心的建设。

公众对于4400人非常好奇，关于他们神秘能力的传言四处流传，公众的态度分为两种，一种是包容他们，一种是畏惧他们。当4400人努力重新开始他们打断的生活时，每个人都将在即将发生的事件中扮演关键角色，这些事件将决定人类的命运。